A Természettudományi Múzeumban a látogatók az ország harmadik legnagyobb madártojás-gyűjteménye mellett megtekinthetik a Pannon-tenger mocsaras partjain élő mecseki dinoszaurusz nyomait, a jégkorszaki ősmaradványok között a „pécsi mammut” csontjait.
Évek óta népszerűnek bizonyulnak a múzeum rendszeresen megtartott múzeumpedagógiai foglalkozásai, kirándulásai.
Az állandó kiállítások változatos időszaki kiállításokkal egészülnek ki.